Menjelang perkawinannya, kepiting betina akan mengeluarkan cairan kimiawi perangsang (disebut pheromone) ke dalam air untuk menarik kepiting jantan. Kepiting jantan yang berhasil menemukan pheromone tersebut segera naik ke atas karapas kepiting betina yang sedang dalam kondisi pra lepas cangkang (premolt) dan membantu kepiting betina untuk berganti kulit (molting) (Ramelan, 1994).

Perkawinan rajungan terjadi pada musim panas dimana yang jantan terlihat melekatkan diri pada betina kemudian menghabiskan beberapa waktu perkawinan dengan berenang Coleman, (1991) dalam Susanto dkk., (2005)  sampai menetas memerlukan waktu sekitar 5-8 hari tergantung dari perkembangan embrio.

Untuk mengetahui musim pemijahan rajungan dapat dilakukan dengan mengamati kematangan gonad rajungan betina. Musim pemijahan rajungan lebih muda diamati daripada ikan. Hal ini dapat ditandai dengan terdapatnya telur-telur yang melekat pada lipatan abdomen bersama pleopodanya. Musim pemijahan rajungan terjadi sepanjang tahun dengan puncaknya terjadi pada bulan Desember, Maret, Juli, dan September (Kembaren dkk., 2012).

Lama masa inkubasi sampai menetas memerlukan waktu 5-8 hari tergantung dari perkembangan embrio, biasanya induk rajungan dengan telur yang berwarna kuning memerlukan waktu lebih lama dibandingkan dengan berwarna coklat atau hitam.

Dalam bak penetasan biasanya telur akan menetas pada waktu malam atau pagi hari antara pukul 20.00 – 24.00 dan pukul 06.00 – 08.00. setelah semua telur yang ada dalam lipatan abdomen menetas, aerasi dalam bak diangkat/dimatikan dan ditunggu sampai larva mengumpul pada bagian permukaan air. Dari seekor induk rajungan dapat menghasilkan zoea-1 sebanyak 450.000 sampai 950.000 ekor. Hubungan antara induk rajungan dengan jumlah zoea yang dihasilkan sangat erat dimana semakin besar ukuran induk akan menghasilkan zoea yang banyak (Susanto dkk., 2005).