Sumber air yang digunakan untuk pembenihan rajungan adalah air laut (32-34 ppt) yang telah disucihamakan dengan chlorine 25 mg/liter, dibiarkan selama 24 jam dan dinetralisir dengan sodium thiosulfat 0,175 mg/liter (Susanto dkk., 2005).

Kualitas air yang dimaksud dalam pembenihan ini yaitu meliputi suhu, pH, oksigen terlarut salinitas dan amoniak. Pendapat Juwana dan Romimohtarto (2000), bahwa suhu optimum untuk larva rajungan fase megalopa berkisar antara 28-34ºC. Menurut Juwana dan Romimohtarto (2000), menyatakan bahwa pH yang baik untuk megalopa rajungan adalah 7,5-8,5. Oksigen terlarut merupakan suatu parameter pembatas utama karena pengaruh oksigen terlarut sangat penting pada kelangsungan hidup dan pertumbuhan. Apabila kandungan oksigen rendah menyebabkan pada kematian larva. Menurut Adi (2011), oksigen terlarut di dalam air antara 4-6 ppm dianggap paling ideal untuk tumbuh dan berkembang larva. Salinitas merupakan salah satu parameter kualitas air yang sangat berpengaruh terhadap kelangsungan hidup larva rajungan. Menurut Juwana (1997), salinitas yang optimal untuk larva rajungan berkisar 28–34 ppt. Dikatakan Adi (2011), bahwa salinitas 31-33 ppt dan suhu air 31oC dengan pemberian pakan yang cukup dapat mempercepat molting larva rajungan.

Media yang digunakan adalah air laut bersih yang telah disterilkan dengan klorin untuk mencegah adanya parasit dari air laut dan telah dinetralkan pada bak penampungan air (Mardjono dan Arifin, 1992).  Air laut yang dipompa harus bersih, jernih dan tidak tercemar dengan salinitas 30 – 34 ppt.